São Francisco Xavier nasceu no Reino de Navarra, na península Ibérica, no dia 7 de Abril de 1506. Foi o filho caçula da família. Seu pai se chamava Juan de Jasso e era um aristocrático conselheiro do Rei de Navarra, João III. Sua mãe se chamava Maria de Azpilicueta y Xavier, era de família nobre também de Navarra.

Aos 9 anos de idade, seu pai faleceu. Sua mãe envia-o, aos catorze anos, ao Colégio de Santa Bárbara, na cidade de Paris. Francisco se preparou para entrar na universidade e terminou os estudos preliminares de literatura, humanidades e filosofia. Aprendeu a falar em francês, italiano e alemão. Passou a lecionar filosofia no Colégio de Beauvais.

É neste período que conhece Inácio de Loyola, futuro santo e fundador da ordem dos jesuítas. Eles criam um grupo com o nome de Sociedade de Jesus. Com mais quatro jovens, eles fundam a Companhia de Jesus, atualmente conhecida como Jesuítas, a maior ordem religiosa do mundo. Eles fizeram voto de pobreza e foram reconhecidos pelo Papa em 1541. 

Francisco de Xavier foi ordenado sacerdote em Veneza, em 24 de junho de 1537. São Francisco Xavier parte para a sua primeira missão, em setembro de 1543. Foi para Costa de Pescaria, que ficava no litoral sul da Índia. Sendo o primeiro jesuíta na Índia. E chegou como missionário ao Japão em julho de 1549, Também sendo o primeiro jesuíta no Japão.

Apesar da intensa atividade, Francisco Xavier acalentava o sonho de ir missionar na China, onde era proibida a entrada de estrangeiros. Parte a 14 de Abril de 1552, convencido de que conseguiria infiltrar-se secretamente e cativar chineses para o cristianismo. Desembarcou na ilha de Sanchoão e, quando se encontrava em negociações com um mercador chinês que prometera levá-lo consigo, foi atacado por febres violentas.

No dia 3 de dezembro de 1552, Francisco Xavier adoeceu e faleceu aos quarenta e seis anos, deitado numa esteira, com o crucifixo que o amigo Inácio de Loyola tinha lhe dado. Seu sepultamento foi primeiramente em Sanchoão, mas seus restos mortais, foram levados temporariamente à Igreja de São Paulo, em Malaca, em 1553. O seu corpo está hoje na Basílica do Bom Jesus de Goa, onde foi colocado numa caixa de vidro e prata. As peregrinações ao local começaram em dezembro de 1637.

Um osso do braço direito de São Francisco Xavier está na igreja de São José, em Macau, na China, mantido em um relicário. A partir de sua morte, muitas igrejas foram construídas em sua homenagem. Francisco Xavier foi beatificado pelo Papa Paulo V em 25 de outubro de 1619 e canonizado pelo Papa Gregório XV, a 12 de março de 1622, em simultâneo com Inácio de Loyola. É o santo patrono dos missionários. O seu dia festivo é 3 de dezembro.